Setelah pertanyaan penelitian didefinisikan dengan jelas, menulis makalah menjadi jauh lebih mudah. Kertas akan mengajukan pertanyaan, lalu menjawabnya. Kunci keberhasilan penulisan ilmiah adalah mendapatkan struktur makalah yang benar. Struktur dasar dari sebuah makalah penelitian yang khas adalah urutan Pendahuluan, Metode, Hasil, dan Pembahasan (kadang-kadang disingkat IMRAD). Setiap bagian membahas tujuan yang berbeda. Penulis menyatakan: (i) masalah yang ingin mereka atasi—dalam istilah lain, pertanyaan penelitian—dalam Pendahuluan; (ii) apa yang mereka lakukan untuk menjawab pertanyaan di bagian Metode; (iii) apa yang mereka amati di bagian Hasil; dan (iv) apa yang mereka pikirkan tentang arti hasil dalam Diskusi.

Pada gilirannya, setiap bagian dasar membahas beberapa topik, dan dapat dibagi menjadi beberapa subbagian (Tabel 1). Dalam Pendahuluan, penulis harus menjelaskan alasan dan latar belakang penelitian. Apa pertanyaan penelitiannya, dan mengapa penting untuk menanyakannya? Meskipun tidak perlu atau tidak diinginkan untuk memberikan tinjauan lengkap literatur sebagai pendahuluan untuk penelitian ini, akan sangat membantu untuk menempatkan penelitian dalam beberapa bidang penyelidikan yang lebih besar. Pertanyaan penelitian harus selalu dieja, dan tidak dibiarkan begitu saja untuk ditebak oleh pembaca.